Zalivanje je ena glavnih nalog upravljanja bonsaj rastlin. Zdi se, da je zalivanje preprosto, vendar ga ni enostavno zaliti ravno prav. Zalivanje je treba izvajati glede na vrsto rastline, sezonske spremembe, obdobje rasti, obdobje cvetenja, obdobje mirovanja in vremenske razmere rastline. Obvladovanje časa in količine zalivanja je zelo pomembno za rast rastlin. Smrt nekaterih rastlin bonsajev je neposredno povezana z nepravilnim zalivanjem.

Poleg tega, da zemlja v lončkih oskrbuje rastline z vodo in hranilnimi snovmi, rastlinam omogoča tudi normalno dihanje zraka. Ko ima zemlja v loncu dovolj vlage, se delci zemlje razširijo in iztisnejo zrak v reže med delci, kar povzroči pomanjkanje zraka v zemlji v loncu; ko je zemlja v posodi suha ali razmeroma suha, se delci zemlje skrčijo, prostornina postane manjša in med delci se ponovno pojavijo vrzeli. Vrzeli so napolnjene z zrakom.

Ko se tla spreminjajo med suhimi in mokrimi, tudi zrak v zemlji za lonce nenehno kroži, kar omogoča koreninam rastline, da normalno dihajo. Po vsakem zalivanju bodo korenine rastline v kratkem času sposobne prenesti pomanjkanje kisika v zemlji v loncu. Če pa je zemlja v loncu dlje časa premokra, kar povzroči dolgotrajno pomanjkanje kisika, bo to povzročilo erozijo korenin in druge bolezni; Če je zemlja dlje časa suha, čeprav je v zemlji za lonce dovolj kisika, rastline dolgo časa ne morejo absorbirati vode, kar je tudi škodljivo za rast rastlin in lahko celo povzroči njihovo odmiranje. Zato je treba pri zalivanju bonsajev upoštevati načelo »ne zalivaj, ko so suhi, zalij jih temeljito«.

Zaradi nezadostnega zalivanja in izsuševanja rastlin vejice ovenejo in se povesijo, listi pa ovenijo, porumenijo in odpadejo. Pri iglavcih bodo iglice postale mehke in izgubile močan in bodičast otip. Ob hudem pomanjkanju vode se skorja vejic skrči kot kurja koža. Če naletite na to situacijo poleti, morate rastlino nemudoma prestaviti v senčeno mesto. Ko temperatura pade, liste najprej poškropimo z vodo, nato v lonec nalijemo malo vode, po eni uri pa vodo dodobra prelijemo.

Pri močno dehidriranih rastlinah pazite, da ne zalijete dovolj naenkrat, ker se je koreninska skorja skrčila in je blizu ksilema, ko je rastlina močno dehidrirana. Če nenadoma pride do velike količine vode, se koreninski sistem zaradi hitrega vpijanja vode razširi, kar povzroči pretrganje skorje, kar vodi do smrti rastline, zato je potreben postopen proces prilagajanja. Potem ko so rastline, ki jim resno primanjkuje vode, obdelane z zgoraj navedenim, je najbolje, da jih nekaj dni hranite v senci, nato pa jih gojite na soncu, ko okrepijo. Vendar ne pretiravajte z vodo. Poleg tega, da rastline povzročijo strmo rast, kar vpliva na obliko drevesa in okrasnost, lahko prekomerno zalivanje zlahka povzroči tudi gnilobo in smrt korenin. Miniaturni lončki za bonsaj potrebujejo manj zemlje, zato je še posebej pomembno, da jih zalivamo ob pravem času in v pravi količini.