Zalivanje je ena glavnih nalog pri gojenju bonsajev. Zalivanje se zdi preprosto, vendar ni lahko doseči pravilne količine. Zalivanje je treba izvajati glede na vrsto rastline, sezonske spremembe, obdobje rasti, obdobje cvetenja, obdobje mirovanja in vremenske razmere rastline. Obvladovanje časa in količine zalivanja je zelo pomembno za rast rastlin. Smrt nekaterih bonsajev je neposredno povezan z nepravilnim zalivanjem.

Poleg tega, da lončnice oskrbujejo z vodo in hranili, zemlja za lončnice tudi omogoča rastlinam normalno dihanje zraka. Ko je zemlja za lončnice dovolj vlažna, se delci zemlje razširijo in iztisnejo zrak iz rež med delci, kar povzroči pomanjkanje zraka v zemlji za lončnice; ko je zemlja za lončnice suha ali relativno suha, se delci zemlje skrčijo, volumen se zmanjša in med delci se ponovno pojavijo reže. Reže se napolnijo z zrakom.

Ko se zemlja spreminja med suho in vlažno, zrak v lončni zemlji tudi nenehno kroži, kar omogoča koreninam rastline normalno dihanje. Po vsakem zalivanju bodo korenine rastline v kratkem času sposobne prenesti pomanjkanje kisika v lončni zemlji. Če pa je zemlja v loncu dalj časa premokra, bo to povzročilo dolgotrajno pomanjkanje kisika, kar bo povzročilo erozijo korenin in druge bolezni; če je zemlja dalj časa suha, čeprav je v zemlji dovolj kisika, rastline ne morejo dolgo časa absorbirati vode, kar škoduje tudi rasti rastlin in lahko celo povzroči njihovo smrt. Zato je treba pri zalivanju bonsajev upoštevati načelo "ne zalivajte jih, ko so suhi, ampak jih zalijte temeljito".

Nezadostno zalivanje in dehidracija rastlin povzročita, da se vejice uvenejo in povesijo, listi pa ovenijo, porumenijo in odpadejo. Pri iglavcih se iglice zmehčajo in izgubijo svojo močno in bodičasto teksturo. Pri hudem pomanjkanju vode se skorja vejic skrči kot kurja polt. Če se s to situacijo srečate poleti, rastlino takoj premaknite v senčno mesto. Ko temperatura pade, najprej popršite liste, nato v lonec nalijte malo vode in po eni uri vodo temeljito zalijte.

Pri močno dehidriranih rastlinah pazite, da jih ne zalijete dovolj naenkrat, saj se pri hudi dehidraciji koreninska skorja skrči in je blizu ksilema. Če nenadoma dobite veliko vode, se bo koreninski sistem zaradi hitre absorpcije vode razširil, kar bo povzročilo razpoko skorje in posledično odmiranje rastline, zato je potreben postopen proces prilagajanja. Ko rastline, ki jim resno primanjkuje vode, opravijo zgoraj omenjeno zdravljenje, jih je najbolje nekaj dni hraniti v senci in jih nato, ko se okrepijo, gojiti na soncu. Vendar pa ne pretiravajte z zalivanjem. Poleg tega, da prekomerno zalivanje povzroči strmo rast rastlin, kar vpliva na obliko in okrasno vrednost drevesa, lahko zlahka povzroči tudi gnitje korenin in odmiranje. Miniaturni lončki za bonsaje potrebujejo manj zemlje, zato je še posebej pomembno, da jih zalivamo ob pravem času in v pravi količini.